16 мая Сахалинская таможня отмечает свое пятнадцатилетие. Она была основана в 1991 году в Южно-Сахалинске приказом главного управления государственного таможенного контроля при Совете Министров СССР. В ее состав вошли таможенные посты в Южно-Курильске, Крабозаводском и пассажирским отделом в областном аэропорту.

В 1993 году региональная таможня была преобразована в Южно-Сахалинскую и к ней добавили новые посты в Поронайске и Александровске- Сахалинском, а через четыре года- в поселке Ноглики.

22 апреля 1998 года приказом Государственного таможенного комитета России Южно-Сахалинская таможня снова была преобразована в единую Сахалинскую таможню с семью постами.

На сегодняшний день в таможне работают более пятисот человек. В зону ответственности входят 58 островов общей площадью 87 тысяч километров. Для охраны экономических границ созданы авиационные и морские отделы, в распоряжении которых два вертолета КА-32С и большие таможенные суда "Павел Верещагин" и "Виталий Кирсанов". Есть свой специальный отряд быстрого реагирования.